Zu einem der häufigsten Probleme an Egerer Reliefintarsien zählt das Auftreten von entstellenden Lackierungen. Der Drang des Menschen, historische Gegenstände in gewissen zeitlichen Abständen durch „Verschönerungskuren“ aufwerten zu wollen, hat auch vor Reliefintarsien nicht halt gemacht. Da die filigran gearbeiteten Reliefs durch Staub und Schmutz im Laufe der Jahre an Ausstrahlung verlieren, hat man durch späteres Aufstreichen von farblosen Überzügen Abhilfe zu schaffen versucht, freilich aus heutiger Sicht das Gegenteil erreicht. Die liegende Aufbewahrung von Einzelbildern oder Brettspielen ohne jeden Staubschutz gehörte durchaus zum Normalfall in den Kunst- und Wunderkammern, aber auch späteren Sammlungen. So klagte beispielsweise der sächsische „Kunst=Cämmerer“ Johann Gottlieb Michaelis 1730 dem Dresdner Hofmarschallsamt gegenüber, daß die „KunstStücke vom Staube gantz überzogen...“ seien und ihre „gäntzliche Ruinierung“ befürchtet werden müßte. Aller Wahrscheinlichkeit griff man in Folge sogar mehrmals zum Pinsel, da übereinanderliegende Lackschichten unterschiedliches Löseverhalten zeigen. Bei dickflüssigen oder mehreren Aufträgen füllten sich nach und nach die Gravuren und Punzierungen zu.

Egerer Reliefintarsien zeichnen sich häufig durch minutiöse Punzierungen und Gravierungen aus. Goldschmiedepunzen (kleine Sterne, Kreuze, Schraffuren, Punkte, Blüten, Ringe oder sonstiges) wurden zur Akzentuierung der Bildteile in das Holz eingeschlagen; mit Grabsticheln und Schnitzeisen darüberhinaus feine Strukturen zur Stilisierung von Gras, Fellen, Haaren oder Rinde erzeugt. Wird nun eine solche Oberfläche mit Firnis oder Lack überstrichen, laufen die winzigen Vertiefungen vollständig zu. Darüberhinaus verliert sich ihre Wirkung durch die Lichtreflexe des Lackes. Erhält ein Egerer Relief im Laufe seiner Existenz mehrere Anstriche, erscheinen selbst tief eingeschnittene Kerben (etwa bei Haartrachten von Figuren oder bei Pferdemähnen) vollkommen mit Lack ausgefüllt. Die brillante Schnitztechnik ist in ihrer Wirkung stark beeinträchtigt.

Glänzende Lacke beeinträchtigen in ganz erheblichem Maße die ästhetische Wirkung der Egerer Reliefs, denn auch die delikaten Kontraste zwischen weicheren und dadurch matt erscheinenden sowie härteren und dadurch leicht glänzenden Hölzern lösen sich vollständig auf. Alterungserscheinungen der für die Lacke und Firnisse verwendeten Naturharze führten zum Vergilben oder Verbräunen. Die in vielen Fällen extrem ausgebildete Verbräunung egalisiert jegliche Farbkontraste und ruft ein monochromes Gesamtbild hervor. Vor allem die blaugrünen Pappelhölzer, die mit ihrer Farbfrische einen ganz wesentlichen Anteil am charakteristischen Aussehen Egerer Reliefs haben, werden stark unterdrückt. Derartig behandelte Oberflächen verändern sich so evident, daß man kaum noch auf Reliefintarsien schließen kann. Einige dieser Bilder nehmen dabei fast die Charakteristik von Lederreliefs an.

Nur mit großer Mühe und Geduld lassen sich Lacküberzüge von Reliefintarsien entfernen (Lösungsmittel, Laser), doch spricht das Ergebnis stets für sich. Häufig kommen dabei ältere Kittungen zum Vorschein, die nur selten sorgfältig ausgeführt wurden und oft auch umliegende Gravuren verfüllen.