Am 4. Juni 1691 wurde in der Egerer Stadtkirche „Carl Haberstumpf burger und Dischler alhier seiner ehe Wirtin Elisabeth ein Kindt getauft mit nahmen Hanns Niclas...“. Dieser sollte einst die Kunst des Vaters auf noch höherer Stufe fortführen. Johann Nicolaus scheint ein sehr musischer Mensch gewesen zu sein, denn schon als Kind spielte und sang er im Kirchenchor, später schuf er eigene Zeichnungen, erlesene Reliefintarsien, entwarf Landkarten für den Egerer Magistrat sowie die Treppenhaus-Deckenmalerei für das von Giovanni Battista Alliprandi entworfene neue Egerer Rathaus. Zweifellos hat er bei seinem Vater Johann Karl das Bilderschneiden erlernt, diesen aber an Feinheit und Komposition übertroffen.

Am 18. August 1720 heiratete Johann Nicolaus Maria Magdalena Göpfert, die Tochter des in Eger vorwiegend für die Stadtkirche St. Nicolaus tätigen Goldschmiedemeisters Martin Göpfert. Dann ging er in die Residenzstadt Wien und nahm ein Studium zum Bauingenieur auf.

Nach erfolgter Rückkehr arbeitete er gemeinsam mit seinem Vater und wurde einer der besten Reliefintarsienkünstler Egers. Mit der Übernahme einiger Stilisierungen aus dem Repertoire des Vaters zeigte sich Johann Nicolaus zeitlebens mit dessen Kunst verbunden, entwickelte aber gleichzeitig einen eigenen subtileren Figuralstil. Die Vielzahl der für Johann Nicolaus gesicherten Reliefintarsien läßt eine Handschrift erkennen, die der des Vaters überlegen ist. An einigen Arbeiten fügte er Elfenbein als Werkstoff hinzu. Mit dem frühen Tod des Johann Nicolaus 1728 ging gleichzeitig die Kunst der Reliefintarsia ihrem Ende entgegen.