Geboren wurde Johann Karl Haberstumpf im Jahr 1654 in Eger. Vermutlich erlernte er in der Egerer Schreinerfamilie Bauer das Herstellen von Reliefintarsien.1682 erwarb er, wahrscheinlich durch Erbschaft seiner Frau, das Haus Nr. 12 in der Egerer Judengasse.  Hier etablierte Haberstumpf seine Werkstatt. Offenbar mußte er ständig mit Schulden kämpfen und starb später in Armut. Vor dem Hintergrund seiner künstlerischen Tätigkeit, deren Produkte ausschließlich für den wohlhabenden Adelsstand gedacht waren, mag dies verwundern. Offenbar war er öfters krank, wie eine 1691 eingereichte Bittschrift um ein Darlehen an den Egerer Stadtrat vermuten läßt.

Johann Karl konnte zeitlebens einen gewissen Teil seiner Kunstwerke an den Egerer Stadtrat verkaufen. Seit 1684 gingen fast Jahr für Jahr Kabinette oder Brettspiele ins Egerer Rathaus. Vor allem sind es Brettspielkassetten, von denen sich insgesamt 20 Stück in den Ausgabenbüchern nachweisen lassen. Während die meisten der angekauften Werke sofort ihre hochgestellten Empfänger erreichten, wurden manche der Stücke „auf Vorrat“ in der städtischen Losungskammer gelagert. Ähnlich wie in Nürnberg, wo man einen Fundus von Goldschmiedearbeiten einheimischer Meister im Rathaus zu Geschenkzwecken verwahrte, geschah dies im kleineren Rahmen auch in der Stadt Eger, die nach wie vor ihre Unabhängigkeit als wichtigstes politisches Ziel verfolgte. Johann Karls Hauptwerk, das er gemeinsam mit seinem Sohn schuf, ist der große Kaiserschrank in Wien, den die Stadt Eger 1723 Kaiser Karl VI. als Geschenk überreichte.
Im Jahr 1724, also ein Jahr nach übergabe des Kaiserschrankes, starb Haberstumpf.