Mit Unterzeichnung des schwedisch-kaiserlichen Hauptrezeßes am 26. Juni 1650 in Nürnberg fand das Tauziehen um Eger sein Ende. Kaiser Ferdinand III. hatte hinsichtlich der schwedischen Ansprüche auf die Oberpfalz und Pfalzgraf Karl Gustav als Generalbevollmächtigter Schwedens hinsichtlich Egers nachgegeben. Eger geriet zunehmend in die Defensive und verlor seine einstmalige Stellung im Deutschen Reich.

Eine Politik der kleinen, aber unentwegten Nadelstiche war es schließlich, die „zur völligen Entmachtung und Entrechtung der ehemaligen freien Reichsstadt und ihres dann gar nicht mehr als Pfandland beachteten Gebietes führte“. (Heribert Sturm) Die zweite Hälfte des 17. Jahrhunderts bescherte den Egeranern einen umfassenden Ausbau ihrer Festungsanlagen. Er stand unter dem Zeichen einer zentral von Prag geleiteten und in allen Details bestimmten Modernisierung, die Eger in eine unbezwingbare Bastion umwandeln wollte. Daneben war es vor allem die hartnäckig betriebene Rekatholisierung, die das Leben in der Stadt Eger jener Zeit prägte. Diese Maßnahme führte zu einem weiteren Verlust der staatsrechtlichen Sonderstellung der einstigen Reichsstadt, die trotz aller Bemühungen und Hoffnungen nicht wieder herzustellen war.